运用神奇船票需要先完成游戏的主线剧情进入二周目，神奇船票通常通过官方活动主题如宝可梦嘉年华活动主题赠送，玩家需要连接网络并在游戏的礼物体系中找到并领取。领取到神奇船票后，玩家需要前往枯叶市的港口。在港口玩家可以运用神奇船票乘坐海烈焰马号或破浪号前往肚脐岩，到达肚脐岩后，玩家可以在特定位置捕捉到凤王和洛奇亚。除了这些途径外其他方法也可以获取船票，但这个道具是一次性的运用后就会自动消失。

神奇船票作为重要道具，一般运用后就无法第二次获取了，除非通过修改器或金手指等非官方手段。玩家在前往肚脐岩的途中也许会遇到一些挑战，提议提前准备好足够的道具和精灵。而且二周目的任务很多，大家在进入这个阶段后，唯一的目标就是收集全部的精灵好解开下壹个任务。

肚脐岩这里的范围也不大，属于壹个很小的地图，配置的缘故也只是为了增加精灵获取的难度。要是你对这里的凤王和洛奇亚感兴趣的话，提议准备大师精灵球，接着组合克制元素的精灵，在千万肚脐岛后找到凤王和洛奇亚，对战结束就可以抓捕它们。

游戏在其他的活动主题期间，也也许会配置特殊的岛屿，到时候也会出售船票给玩家。每个船票的配置都是差不多的，全部都是一次性的道具，可以让你往返各个岛屿，没有船票后玩家就不能来到该岛屿了。